Наши сервера предусматривают выполнение любых файлов, имеющих расширение cgi. Таким образом, Вы можете хранить свои cgi-скрипты в любом доступном вам месте на сервере. Просто добавьте к имени файла расширение сgi, чтобы сервер распознал этот файл как сgi-скрипт.